中国科协全国学会党组织包括办事机构层面的党组织、理事会层面的党组织、分支机构层面的党组织以及其他形式的党组织等。

办事机构层面的党组织，是在学会办事机构设立的党的基层组织（党委、党总支、党支部）。学会办事机构可以通过“自建、联建”等形式建立党的基层组织。

理事会层面的党组织，是在学会理事会设立的党的组织机构，即学会党委。在中国科协党组领导下，中国科协科技社团党委具体负责联系和指导学会理事会层面党委工作。

有条件的学会分支机构可以成立党的基层组织，归学会党组织领导。